Boğazköy’de kanalizasyon sistemi yoktur. Yerleşenler kendi fosseptik çukurlarını kendileri yönetmektedirler. Çevre sağlığı açısından her evin fosseptiğinin uygun şekilde açılıp kullanldığı bağlı bulunulan Karesi Belediyesince denetlenmektedir. Kanalizasyon için yeterli nüfus olmadığı düşüncesinden henüz başlanmamıştır. Ayrıca kanalizasyon sistemine geçildiğinde bu sistemin bir arıtma sistemine ihtiyacı olacağından ve bu da pahalı olduğundan şimdilik bu altyapı ertelenmektedir.

Drenaj sistemi de henüz yapılmamıştır.